Датой образования Главного управления специальных программ Президента Российской Федерации (далее – Главное управление) является 6 января 1977 года, когда постановлением Совмина РСФСР было образовано Пятое управление Управления делами Совмина РСФСР (далее – Пятое управление). Главное управление является его преемником.

Основными задачами, возложенными на Пятое управление, были функции заказчика по строительству новых, модернизации и реконструкции существующих пунктов управления Совета Министров РСФСР, поддержанию их в постоянной готовности к применению по прямому предназначению, а также координация деятельности министерств и ведомств по поддержанию в готовности существующих и строительству новых запасных пунктов управления Российской Федерации, а также методическое руководство по вопросам поддержания в готовности запасных пунктов управления субъектов РСФСР. Кроме того, с 1991 года на Пятое управление были возложены функциональные обязанности организации и обеспечения мобилизационной подготовки  Управления  делами Совмина РСФСР, а с января 1992 года - Администрации Президента и Аппарата Правительства Российской Федерации, а также вопросы обеспечения радиотехнической безопасности указанных органов.

Указом Президента Российской Федерации от 5 августа 1991 г. № 32 Пятое управление   было   введено   в состав  Администрации  Президента  РСФСР,  а  с 24 сентября 1992 г. Распоряжением Президента РСФСР – преобразовано в Управление планирования и реализации специальных программ Администрации Президента Российской Федерации.

Указом Президента Российской Федерации от 5 января 1994 г. Управление планирования и реализации специальных программ Администрации Президента Российской Федерации было преобразовано в Главное управление специальных программ Президента Российской Федерации. Был создан государственный орган, объединивший не только подразделения, обеспечивающие подготовку документальной мобилизационной базы, но и систему специальных объектов. Главное управление в качестве структурного подразделения вошло в состав Администрации Президента Российской Федерации.

В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 30 апреля 1998 г. № 483 «О структуре федеральных органов исполнительной власти» Главное управление было отнесено к федеральным органам исполнительной власти, руководство деятельностью которых осуществляет Президент Российской Федерации.

В соответствии со статьей 32 Федерального конституционного закона от 17 декабря
1997 г. № 2-ФКЗ «О Правительстве Российской Федерации» Указом Президента Российской Федерации от 7 сентября 2004 г. № 1146 «Вопросы Главного управления специальных программ Президента Российской Федерации» утверждено Положение о Главном управлении.

Сегодня Главное управление является федеральным органом исполнительной власти (федеральным агентством), осуществляющим в пределах своей компетенции функции по обеспечению исполнения Президентом Российской Федерации полномочий в сфере мобилизационной подготовки и мобилизации в Российской Федерации в соответствии с Федеральным законом «О мобилизационной подготовке и мобилизации в Российской Федерации».